現在では「毛がにのまち枝幸」と称されるまで全国的にも有名となりましたが、その歴史には様々な苦労がありました。 北海道でたらばがにの漁獲が減少し、代替の安価な缶詰向け加工原料として「毛がに」が注目を集めるようになった 昭和１０年代（太平洋戦争直前）に最初の毛がに籠漁が行われました。しかし、当時は好不漁が激しく、 にしん漁が漁業の中心であったため本格的な操業にはいたらず、さらに、昭和１５年５月の「枝幸大火」で 缶詰工場が被災したことも引き金となり、徐々に毛がに籠漁は衰退していきました。

終戦をむかえた後も毛がに籠漁を営む人はほとんどいませんでしたが、主力漁業であったたらばがに漁の不振が続き 加工も下火になるにつれて、昭和３０年代半ばに大きな期待のもと毛がに籠漁業が再開されます。 幸いにも当時の枝幸前浜は、他地域をしのぐ資源量を誇っていたため、徐々に毛がに籠漁を営む人が増え、 最盛期には５０隻の漁船で千トン、二千トンの水揚げという、現在では想像もつかないような豊漁が数年続きました。

しかしその結果、昭和３０年代後半までに資源量が減少の一途をたどったため、 昭和３９年に北海道から資源保護のため３年間の禁漁方針が示され、 やむなく休漁を強いられることとなります。 その後、何とか毛がに籠漁を復活させたいという漁業関係者の強い思いから、 昭和４２年、試験操業の形で全盛期の５分の１にあたる１０隻で毛がに籠漁を再開。 資源に見合う漁獲許容量の設定や雌（メス）がにの漁獲禁止・ 漁獲サイズの取り決めなど徹底した資源管理が行われ、 現在の１８隻による安定した操業体制が確立されました。 昭和３０年代の毛がには缶詰の加工原料として安価で取引されましたが、 昭和４０年代になるとボイルが主流となり単価的にも上昇。 昭和４２年には、毛がにの消費拡大を目的に「第１回枝幸かにまつり」も開催され、 その甲斐もあり昭和５０年代には商品価値が向上し、 全国の消費者に認められる人気の高級食材として現在の地位が築き上げられました。

明治の半ば頃に小樽方面のほたて船団が使用していた八尺（漁具）の技術を学び、枝幸のほたて漁が始まりました。当時は現在のような養殖技術も無かったため、 天然のほたてを細々と漁獲しており、昭和２９年頃の約１万１千トンの水揚げを境にほたて資源の減少が進んだことから、 ほたて漁に着手する漁業者は徐々に減っていきました。その後、刺網や定置網など様々な形態の漁業に取り組んできましたが、 より安定した漁業生産を目指し、約３０年後の昭和６１年に「枝幸ほたて漁業共同企業体」を発足します。 この時代になると道内の各地域でほたての養殖技術や八尺の改良などが進み、それらを研究しながら翌６２年には、 ほたて漁場の造成と稚貝の放流を開始。平成２年から「４輪採」（４箇所に漁場を区画して１年に１区画を漁獲） での操業が始まりました。

４輪採の１サイクル目は５千トン～７千トン台と低調であったものの、繰り返し漁場造成を行いヒトデの駆除等を実施。 稚貝の追加放流も進め、２サイクル目からは徐々に漁獲量が伸び３サイクル目である平成１２年には初めて３万トンを超える漁獲量を達成することができました。

その後は比較的安定した漁獲を維持してきましたが、平成２６年冬の爆弾低気圧により、 漁場の砂がほたて貝上に堆積し窒息死するという膨大な被害が発生しました。 被害直後は漁獲が半減し、枝幸の経済も大きなダメージを受けることとなりましたが、 放流海域の再検討や種苗生産の拡大、漁場造成と緊急的な稚貝の追加放流等、漁業関係者の必死な努力により、 平成３１年には３万８千トンの漁獲量まで復活させることができました。

また、近年は海外に向けた輸出の取組みも進められており、平成２５年に枝幸海域を含む宗谷南部海域が「対EU輸出ホタテガイの生産海域」に指定され、 翌年には枝幸漁業協同組合などが世界でも最高の管理安全基準の「HACCP（ハサップ）」対EU輸出水産食品取扱施設に認定され、 ヨーロッパ諸国へも安心・安全な「枝幸ほたて」が輸出されています。幾多の苦難を乗り越え、 「栽培・資源管理型漁業」を積極的に行ってきた努力の結果が現在の「枝幸ほたて」の品質向上、安定生産につながっています。